Считаю, что так делать, как ваш поставщик, неправильно. Датой реализации ГСМ и датой совершения оборота по НДС считается дата выписки накладной. В вашей ситуации может быть разрыв между датой накладной и датой ЭСФ более 15 календарных дней, а это нарушение, и тогда вы не сможете по такой ЭСФ взять в зачет НДС.
Поставщик должен выписывать ЭСФ одновременно с накладной, либо в момент продажи талонов, либо в момент отпуска ГСМ. Лично мое мнение правильнее второй вариант. Но поставщикам часто так учитывать неудобно, поэтому они обычно выписывают все документы при продаже талонов, в том числе и ЭСФ.
Сами талоны как товар приходовать не надо, вы должны учитывать их у себя как аванс, оплаченный поставщику. Если вы хотите непременно учитывать талоны по количеству и суммам, то лучше делать это на забалансовом счете, но эти данные в общем балансе никак отражаться не будут, этот учет вы будете вести просто для себя.