Не сочтите, коллеги, за оффтоп - сталкивался с "технической невозможностью". Хотя и не по точно такому же вопросу.
Обжалование в суд мало что даст. Точнее - даст, суд вы выиграете. Но исполнить его не сможете по той же самой причине. "Компьютер не дает".
Вопрос разрешился у нас только тогда, когда была устранена первопричина. В Вашем случае - пока не будет снят арест с доли одного из учредителей.
Ну или остается надеяться, что ПО исправят.
По сабжу: другие участники не страдают. Доли-то свои они реализовали, независимо от регистрации. (посмотрите, кстати, соответствующую тему о моменте перехода прав на долю). ЮЛ своевременно документы на перерегистрацию сдало. А дальше - уже проблемы регистрирующего органа, по большей части.