1. Разница только в доказывании вины, если есть договор о полной материальной ответственности, то при наличии ущерба работодатель не обязан доказывать вину работника. Если нет договора - то работодатель обязан доказать вину работника. В остальном все одинаково - установление размера ущерба, уведомление о необходимости возместить ущерб, получение согласия работника об удержании из з/п, в случае отказа - иск в суд.
2. Если должностной инструкцией или другим локальным актом или колдоговором предусмотрено по этой должности заключение договора о полной материальной ответственности, то отказ от его заключения это неисполнение должностных обязанностей. Соответственно, на первый раз - выговор, затем - увольнение по статье.