Скорее всего откажут.
Могу предположить, что Вы подозреваете "ТОО 1" и "ТОО 2" в сговоре при заключении между ними сделки. И предполагаете что Ваши права в данном случае могут быть нарушены. Если Вы сможете доказать нарушение Ваших прав, то Ваши доводы могут быть приняты в Суде. Если нет, то они останутся необоснованными предположениями. И аффилиированность здесь не причем, сговор может быть по другим основаниям и мотивам, например материальная заинтересованность. В данном случае Вы рассматриваете аффилиированность как мотив нарушения Ваших прав, а мотив важен для уголовного судопроизводства, а для гражданского только нарушенные права имеют значение.