Насчёт налогов и командировочных - было соответствующее разъяснение по этому вопросу НК г. Алматы:
Что же касается необходимости создания представительства в месте нахождения иногородних работников, то считаю, что в этом нет необходимости. Создание представительства - это право юрлица, а не обязанность. Другой вопрос, что такое положение вещей не очень стыкуется с трудовыми отношениями - нет контроля за работником, отсутствие возможности увольнения работника по некоторым пунктам ст. 26 Закона О труде (за прогул и т.д.) и др. Но раз между иногородним работником и работодателем вопросов не возникает, то не вижу препятствий в том, чтобы отношения называть "трудовыми".