Если я не ошибаюсь, ГП передали в областную коммунальную собственность как имущественный комплекс, что не является созданием нового юрлица. В этом случае речь идет о смене собственника имущества предприятия, и согласие антимонопольщиков не требуется. Но акт приема-передачи должен быть. Нужно разговаривать с юстицией и отстаивать свою точку зрения о неправомерности требования приказа антимонопольщиков для регистрации.