Как оказывается нынче в гос.закупках все усложнено, ужас))
Я бы попробывал написать претензию с требованием оплатить задолженность. Сослался на сроки приемки Товара, указанные в п.426-4 Правил, указав, что по причине отсутствия аргументированных обоснований непринятия акта со стороны Заказчика в 3-х дневный срок Акт считается принятым. Для острастки насчитал бы в претензии договорную пеню с момента окончания 3-х дневного срока (если нет в договоре пени за несвоевременную оплату, неустойку по ст.353 ГК РК). И если есть какой то орган, контролирующий гос.закупки, накатал бы туда жалобу на злостное нарушение Заказчиком п.426-4 Правил)