а зачем менять? дополните просто реквизитами филиала и все, филиал не юридическое лицо и это риски оставлять реквизиты только филиала.
мы обычно вообще старались не заключать договора с филиалами, но когда надо, в преамбуле прописывали юр лицо в лице директора филиала, действующего на основании приказа, доверенности, положения о филиале и т.д. в реквизитах указывали и юр. и их филиал.