Как правило, проект договора готовит одна из сторон и направляет его для подписания другой стороне. Если другую сторону проект договора не устраивает, а первой стороной он уже подписан и исправлять она его не желает, то остается лишь одна возможность внести коррективы в договор - составить протокол разногласий. При этом при подписании договора делается пометка "с протоколом разногласий". Первая сторона в полученном протоколе разногласий может указать, что некоторые пункты принимаются в редакции контрагента, либо не согласна со всеми пунктами, либо предложить иную редакцию пунктов.
Суды, рассматривая споры, вытекающие из договорных отношений, всегда принимают во внимание наличие протокола разногласий, т.е. договор считается согласованным только по тем пунктам, где нет разногласий между сторонами.