Задолженность может возникнуть только в том случае, если ИПН был начислен, но не уплачен. Начисленный ИПН отражается в форме 910 (если вы на упрощенке) или в форме 200 (если вы на ОУР). Когда будете заполнять форму 910 (или 200), то вы за те месяцы, когда не начислялась зарплата, естественно не укажете и ИПН.
Поэтому:
1) никакой задолженности у вас не будет, потому что сколько вы заплатите, столько и покажете в декларации.
1) даже если у вас и возникнет задолженность, то система узнает о ней только после сдачи декларации, когда на лицевой счет сядут начисленные суммы. Эти суммы указываются в уведомлении о принятии декларации после того, как появится статус "Разнесено".
Поэтому вы должны контролировать, чтобы уплаченные суммы соответствовали тем, которые получите в уведомлении.