Зависит от многого: квартира была приобретена в браке, либо подарена, либо унаследована? От этого и права. Если приобретена в браке, то считается совместно нажитым имуществом и делится поровну, но суд может, исходя из того, с кем остаются дети, отойти от принципа равенства. Можно не обращаться в суд, а заключить нотариальное соглашение об уплате алиментов, либо о передаче доли в квартире в счет алиментов. На двух детей до совершеннолетия алименты положены в размере 33% от всех видов дохода. Вот и считайте.