Во-первых, никакими законами и никакими НПА не устанавливается обязанность налогоплательщика вести учет именно в 1С. Вы можете вообще весь учет вести в экселе (кстати, некоторые небольшие компании так и делают).
Во-вторых, счет на оплату - это не обязательный документ. Его форма не утверждена ни Приказом МФ РК от 20 декабря 2012 года № 562 "Об утверждении форм первичных учетных документов", ни какими-либо другими НПА. Вы вообще можете придумать и утвердить в своей Учетной политике собственную форму счета на оплату, что некоторые компании и делают.
Поэтому я считаю, что вы имеете право выписывать счета на оплату и в 1С, и одновременно любым другим удобным для вас способом.