Если проанализировать смысл процитированного вами пункта договора, то я лично понимаю так, что начисление пени производится в установленном порядке, за исключением случаев секвестирования бюджета и/или недостаточности средств.
То есть, этот пункт, насколько я понял, не препятствует обращению к заказчику с требованием об оплате.