Наверняка будут проблемы.
С займами у вас тоже будет головная боль, т.к., поскольку вы иностранец, то по Закону о трансфертном ценообразовании заем должен быть возмездным и ставка вознаграждения должна быть среднерыночной. Беспроцентный заем здесь не получится заключить.
Поскольку у ТОО заем с вами, то и квартирой ТОО будет рассчитываться не с мамой, а с вами. Фактически это бартер, а бартерные операции Налоговым кодеском РК не предусмотрены, поэтому передача квартиры будет считаться реализацией и опять же по среднерыночной цене, т.к. стороны сделки взаимосвязанные.