При проведении проводки в 1С вы можете сразу указывать, что деньги поступили от организации, только в комментарии к платежке в 1С написать, что это оплата через доверенное лицо такое-то.
Я сама несколько раз оплачивала с карты физического лица за ТОО в супермаркетах Алматы, так для получения документов они потребовали от меня принести доверенность (прикрепляю образец).
По этой доверенности можно потом постоянно получать документы и товары и не надо каждый раз выписывать доверенность на каждую накладную отдельно.
Доверенность.doc