Являетесь. В соответствии с трудовым законодательством при выполнении трудовых обязанностей работник выполняет поручения и распоряжения работодателя в соответствии с изданными приказами и прочими актами работодателя.
Согласно пункту 1 статьи 39 КоАП не является административным правонарушением совершение деяния, предусмотренного настоящим Кодексом, лицом, действовавшим во исполнение обязательного для него приказа или распоряжения. Административную ответственность за совершение такого деяния несет лицо, отдавшее незаконный приказ или распоряжение.
Между тем, пунктом 2 указанной статьи установлено, что лицо, совершившее умышленное административное правонарушение во исполнение заведомо незаконного приказа или распоряжения, несет административную ответственность на общих основаниях. Неисполнение заведомо незаконного приказа или распоряжения исключает административную ответственность.
Поскольку вам заведомо известно о незаконности приказа об установке нелицензионного ПО, то вы несете административную ответственность на общих основаниях. Следует отметить, что, в зависимости от суммы причиненного ущерба, деяние может быть квалифицировано как уголовное правонарушение.