Суд отказал вам во взыскании с перевозчика убытков, включая уплаченный НДС.
Поэтому, полагаю, в суде у вас больше нет шансов требовать что-то у перевозчика.
Ищите другие возможности... Возможно, найдёте способ возвратить НДС из бюджета или, хотя бы, зачесть его в счёт уплаты своих налогов