Ситуация довольно сложная. Работнику необходимо определиться со своими требованиями, а именно, что для него важнее - восстановиться на работе или потребовать компенсацию за нарушение ученического договора. Если восстановиться на работе, то собирать доказательства нарушения процедуры расторжения трудового договора. Если получить компенсацию, то собирать доказательства нарушения обязательств по ученическому договору.