Единственный документ, известный мне - это договор с банком, который вы подписываете при открытии карточного счета в банке на физическое лицо. Обычно там мелкими буквами написано, что данный счет не предназначен для использования в предпринимательской деятельности. То есть наоборот - говорится, что оплата за услуги ИП не должна поступать на карту физлица. Но никаких санкций за нарушение не предусмотрено.
В этом случае вам видимо придется доказывать, какие поступления являются оплатой за услуги ИП, а какие - нет. Но ведь такие претензии могут возникнуть, даже если на карточку физлица не будут поступать деньги для ИП. Думаю, всегда можно объяснить, какие деньги от кого и за что поступили.