Чтобы не ущемлять интересы работника (чтобы он снова не подал на вас в суд), по идее надо начислить зарплату задним числом за каждый месяц отдельно. При этом вам надо будет корректировать налоговую отчетность (сдать дополнительные ФНО) и заплатить пени по налогам, соц. платежам и по не выплаченной вовремя зарплате.