Полагаю, что лучше сначала заключить договор на разработку НПД, а затем к нему сделать доп. соглашение на работы (когда будет известна их цена). Но можно и сразу смешанный договор, указав предварительную цену за работы, и сделать оговорку, что окончательная цена за работы будет определена сторонами в такой-то срок.