Договором регулируются только гражданские отношения.
Вы же описываете публичные отношения, не относимые к гражданским. Эти отношения, связанные с исчислением НДС, регулируются налоговым законодательством и не могут произвольно устанавливаться соглашением сторон.
Поэтому ставка НДС не может устанавливаться договором и расчет по ней не должен приниматься сторонами, если она противоречит законодательству РК (ст. 158 ГК).
Установление ставки НДС должно производиться в соответствии с действующим на период возникновения налоговых обязательств налоговым законодательством.
Важно отметить, что цена договора может меняться в зависимости от ставки НДС. Поэтому ее отражение напрямую связано с политикой ценообразования. В этом случае для защиты интересов стороны в договоре следует не манипулировать отклонениями в ставках налогов, а предусматривать механизм пропорционального повышения цены в зависимости от изменения ставок налогов.